השואה, הטרגדיה הגדולה ביותר בהיסטוריה היהודית המודרנית, מוצגת בהרחבה באוסף הארכיון. רובם של הסרטים עוסק בגורלם של ניצולי שואה ובתקופה שלאחר המלחמה, כולל הסרט הקלאסי אל תפחידונו , על תנועת ההעפלה לארץ ישראל. יוצא מן הכלל חשוב לכך, המספק עדות מתקופת המלחמה, הוא משפטו של אדולף אייכמן. ניתן למצוא באתר לקט עדויות מתוך המשפט, סרטים על מצבם של העקורים באירופה לאחר המלחמה ופעולות שונות של הנצחה בשנים שלאחר מכן. כמו כן ניתן למצוא תיעוד נדיר בצבע לביקורם של היטלר ומוסוליני בחזית המזרחית, על התגייסותו של היישוב היהודי בארץ למאמץ המלחמתי.
